1900年（明治33年）興建，剛興建時中央頂部有華麗圓形山牆，遠看如鐘樓，因此便有「時鐘樓」稱號。此處除作為官邸外，也是日本皇族渡臺至臺南視察時的「御泊所」，提供皇族停泊的行館，距離火車站、州廳和臺灣步兵第二聯隊駐地都很方便。
戰後，不同的公家機關借此地辦公，包含臺灣鹽務總局、地政所、民防指揮部以及最後的消費合作社衛民分社。1998年被指定為市定古蹟。2001年臺南市政府向議會提案，要進行臺南州知事官邸、臺南合同廳舍（中正路消防隊）與臺南武德殿（忠義國小禮堂）三處的調查研究修復計畫，此計畫屬「臺閩地區第三期古蹟維護計劃（九十年度至九十三年度）」的一部分，因此由內政部出資三分之二，另三分之一由臺南市政府負責。因此向市議會提議增加預算至178萬2千元。
2007年臺南市政府再次向議會提案，希望能先行墊付800萬元，結合文建會針對「市定古蹟原臺南縣知事官邸第二期修復工程計劃」的補助，總經費為1,600萬元，由文建會與臺南市政府各負擔一半。2010年修復完成後委外經營，至2020年這十年當中，先後歷經財團法人臺灣藝術家合奏團文化基金會、高青開發股份有限公司、安提阿設計有限公司的經營，從事咖啡館與文化沙龍、展覽等多面向的經營。
圖片為2001年臺南市政府向第二委員會提案爭取預算，資料來源：臺南市議會，《臺南市議會第十四屆第七次定期大會第十四、十五次臨時會議事錄》，2001年6月，頁315。
〈參考資料〉
臺南市議會，《臺南市議會第十四屆第七次定期大會第十四、十五次臨時會議事錄》，2001年6月，頁315，典藏序號008c-14-07-050602-0122。
臺南市議會，《臺南市議會第十六屆第三次定期大會第四次臨時會議事錄》，日期：2007年6月，頁276，典藏序號：008c-16-03-050602-0071，。
臺南旅遊網，「知事官邸生活館」， https://www.twtainan.net/zh-tw/attractions/detail/782，最後檢索日期：2022年8月10日。
「知事官邸生活館」現場展版資料，攝影日期2022年7月20日。