1895年10月日軍攻佔嘉義城後,擬定分別從嘉義、布袋和枋寮三面包圍的戰術,準備於23日齊集部隊圍攻臺南府城。10月20日凌晨,幫辦臺灣防務閩粵南澳鎮總兵劉永福,搭乘英國汽船Thales前往廈門,使臺南府城居民陷於恐慌之中。
臺南紳商因為恐懼,請求巴克禮(Thomas Barclay)及宋忠堅(Duncan Ferguson)2位牧師與日軍進行交涉。10月20晚間,巴克禮及宋忠堅2位牧師與2位信徒、17位臺南紳商一行共21人出城步行至二層行溪附近的日軍營地,後與第二師團司令乃木希典中將會談並遞交府城仕紳一百餘人所簽署之請願書,獲得乃木希典不流血和平進城的承諾。
二層行庄為巴克禮牧師等人與日軍前衛部隊司令官山口素臣會面的歷史場域,後人經常以為二層行庄就是巴克禮牧師與乃木希典會晤之處。經考證,乃木希典當時駐紮於二層行庄隔岸之太爺庄(今高雄市湖內區太爺里)。